Pokémon Puzzle Collection reúne cuatro tipos de rompecabezas, cada uno con 20 niveles. Cada puzle resuelto añade un Pokémon al Mini Dex del juego, con una pequeña animación. Una secuela, Vol. 2, salió solo en Japón, el 26 de abril de 2002. Este es su contenido, según Serebii.

El manual de Pokémon Puzzle Collection.

Pokémon Puzzle Collection

RompecabezasDesbloqueoDescripción
Motion PuzzleDesde el principioReconstruir la imagen de un Pokémon intercambiando las casillas de una cuadrícula de 4 × 4. La imagen está animada, cada vez más a lo largo de los niveles.
Shadow PuzzleDesde el principioRellenar una silueta con piezas, como un puzle; B las gira un cuarto de vuelta.
Rescue MissionDesde el principioDeslizar bloques para despejar el camino de su Pokémon hasta la salida, al estilo de un puzle deslizante.
Power OnTras 30 puzlesMover las piezas de un circuito para encender la bombilla de Pikachu.

Los primeros Motion Puzzles muestran a Poliwhirl, Teddiursa, Hoothoot y Snubbull, y después a Octillery, Sudowoodo, Shuckle y Elekid.

Pokémon Puzzle Collection Vol. 2

La secuela conserva el Motion Puzzle y el Shadow Puzzle, y añade dos rompecabezas nuevos: Pick Up y Stretch Puzzle. El primer Motion Puzzle muestra un Shellder, seguido de Xatu, Politoed y Mr. Mime.