Una vez derrotado Nobunaga, Pokémon Conquest abre su gran postjuego: los episodios. Cada uno cuenta la historia de un jefe militar, con su propio objetivo. Los Pokémon vuelven a empezar con niveles adaptados, pero un jefe militar reclutado conserva el Pokémon que le habías dado. Ocho episodios están abiertos desde el principio y los demás se desbloquean a medida que ganas. Esta es la lista, según Serebii; los títulos son los de la versión inglesa.
Los episodios
| Episodio | Jefe militar | Dificultad | Desbloqueo | Objetivo |
|---|---|---|---|---|
| Happily Ever After. | Hideyoshi | ★★★ | Desde el inicio | Unificar los reinos de la región |
| The Burden of Peace. | Ieyasu | ★★ | Desde el inicio | Reunir 100 Pokémon |
| The Way of the Warrior | Yukimura | ★★★★ | Desde el inicio | Unificar los reinos de la región |
| The Joy of Battle | Kenshin | ★★★ | Desde el inicio | Ganar 5 batallas |
| Pride and Precociousness | Ginchiyo | ★★ | Desde el inicio | Unificar 7 reinos |
| Tragic Determination | Mitsuhide | ★★★ | Desde el inicio | Derrotar al ejército de Nobunaga antes del 4 de enero (fecha del juego) |
| A Shroud of Darkness | Kotaro | ★★ | Desde el inicio | Unificar 8 reinos |
| Not Worth Fighting Over…1 | Mitsunari | ★ | Desde el inicio | Unificar 4 reinos |
| Teaching Them a Lesson | Nene | ★★★ | Completar «Happily Ever After» | Unificar 8 reinos |
| The Reluctant Genius | Hanbei | ★★★ | Completar «Happily Ever After» | Unificar 8 reinos |
| The Unparalleled Warrior | Tadakatsu | ★★★ | Completar «The Burden of Peace» | Unificar los reinos de la región |
| A Ninja amongst Ninjas | Hanzo | ★★★ | Completar «The Burden of Peace» | Unificar 8 reinos |
| Archenemies | Shingen | ★★★ | Completar «The Way of the Warrior» | Ganar 5 batallas |
| Time for Battle! | Kunoichi | ★★★ | Completar «The Way of the Warrior» | Unificar 8 reinos |
| Land of Love and Righteousness | Kanetsugu | ★★★ | Completar «The Joy of Battle» | Unificar los reinos de la región |
| Love is a Battlefield | Aya | ★★ | Completar «The Joy of Battle» | Unificar 7 reinos |
| The Final Gamble | Yoshihiro | ★★★ | Completar «Pride and Precociousness» | Unificar los reinos de la región |
| Blowing in the Wind.. | Muneshige | ★★★ | Completar «Pride and Precociousness» | Unificar los reinos de la región |
| Ransei’s Legendary Beauty. | Nō | ★★ | Completar «Tragic Determination» | Unificar 7 reinos |
| All Grown Up | Gracia | ★★★★ | Completar «Tragic Determination» | Unificar los reinos de la región |
| The Rebel | Motochika | ★★★★ | Completar «A Shroud of Darkness» | Derrotar al ejército de Nobunaga antes del 4 de enero (fecha del juego) |
| That Which He Holds Dear. | Ujiyasu | ★★★ | Completar «A Shroud of Darkness» | Reclutar 40 jefes militares |
| Not Worth Fighting Over…2 | Kiyomasa | ★ | Completar «Not Worth Fighting Over…1» | Unificar 4 reinos |
| The Rose of Ransei. | Oichi | ★★★ | Completar «Not Worth Fighting Over…1» | Unificar 7 reinos |
| The Visionary’s Quest. | Kanbei | ★★★ | Completar «Happily Ever After» | Vincularse a 100 Pokémon |
| Grace and Beauty. | Ina | ★★★ | Completar «The Unparalleled Warrior» | Unificar 8 reinos |
| PokéMari & Me | Yoshimoto | ★★★ | Completar «Archenemies» | Reclutar 40 jefes militares |
| The Dragon’s Dream. | Masamune | ★★★ | Completar «Blowing in the Wind..» | Unificar los reinos de la región |
| Putting the Books Down. | Motonari | ★★★★ | Completar «Blowing in the Wind..» | Vincularse a 100 Pokémon |
| This One Goes Out to My Fans. | Magoichi | ★★★★ | Completar «All Grown Up» | Unificar los reinos de la región |
| I want to be the best! | Kai | ★★★★ | Completar «That Which He Holds Dear» | Unificar 8 reinos |
| Not Worth Fighting Over…3 | Masanori | ★ | Completar «Not Worth Fighting Over…2» | Unificar 4 reinos |
| The Road to Conquest. | Nobunaga | ★★★ | Completar nueve episodios | Unificar los reinos de la región |
| The Two Heroes of Ransei | Héroe | ★★★★★ | Completar todos los demás episodios | Unificar los reinos de la región |
Los episodios descargables
En 2012 se distribuyeron cinco episodios adicionales por Wi-Fi: Motonari y Motochika, Keiji, Hideyoshi y Reshiram, Okuni y Ranmaru. Ya no están disponibles desde el cierre de la Conexión Wi-Fi de Nintendo. Consulta las contraseñas y los eventos.
El último episodio
«The Two Heroes of Ransei», el episodio del héroe, se abre cuando has terminado todos los demás. Es también donde se puede conseguir a Arceus, con un vínculo del 80 % con Eevee o con una de sus evoluciones. Consulta los legendarios.
