Pokémon Conquest cuenta con una decena de Pokémon legendarios. Durante los episodios, un personaje anuncia a veces que se ha visto un Pokémon misterioso en un reino, marcado con un signo de exclamación: allí aparece un nuevo lugar, con el legendario solo. Puede que sea tu única oportunidad: lleva al jefe militar que tenga mejor vínculo con él. Estas son las condiciones, según Serebii.
| Pokémon | Reino | Condición | Mejor jefe militar |
|---|---|---|---|
| Terrakion | Cragspur | Tener un vínculo del 70 % con Bastiodon | Keiji |
| Articuno | Nixtorm | Terminar el episodio de Mitsuhide, lugares en nivel 3 | Mitsuhide |
| Registeel | Valora | Tener 15 o más jefes militares con su compañero perfecto, y el Cristal Unificador | Ieyasu |
| Groudon | Terrera | Terminar el episodio de Shingen, lugares en nivel 3 | Shingen |
| Dialga | Valora | Ina y Tadakatsu en rango 2, el Cristal del Guerrero y 50 guerreros o más | Tadakatsu |
| Mewtwo | Illusio | Terminar el episodio de Kenshin, lugares en nivel 3 | Kenshin |
| Reshiram | — | Solo mediante el episodio Wi-Fi «Hideyoshi y Reshiram» | Hideyoshi |
| Zekrom | Violight | Nobunaga en rango 2 y el Cristal del Conquistador | Nobunaga |
| Arceus | Aurora | Episodio del héroe, con un vínculo del 80 % con Eevee o una evolución | El héroe |
| Rayquaza | Dragnor | Poseer todos los demás legendarios | Nobunaga |
Los nombres de los cristales están traducidos de la versión inglesa (Unifier Crystal, Warrior Crystal, Conqueror Crystal).
