Pokémon Conquest compte une dizaine de Pokémon légendaires. Pendant les épisodes, un personnage annonce parfois qu’un Pokémon mystérieux a été vu dans un royaume, marqué d’un point d’exclamation : un nouveau lieu y apparaît, avec le légendaire seul. C’est peut-être votre seule chance : emmenez le seigneur qui a le meilleur lien avec lui. Voici les conditions, d’après Serebii.
| Pokémon | Royaume | Condition | Meilleur seigneur |
|---|---|---|---|
| Terrakium | Cragspur | Avoir un lien de 70 % avec Bastiodon | Keiji |
| Artikodin | Nixtorm | Finir l’épisode de Mitsuhide, lieux au niveau 3 | Mitsuhide |
| Registeel | Valora | Avoir 15 seigneurs ou plus avec leur partenaire parfait, et le Cristal Unificateur | Ieyasu |
| Groudon | Terrera | Finir l’épisode de Shingen, lieux au niveau 3 | Shingen |
| Dialga | Valora | Ina et Tadakatsu au rang 2, le Cristal du Guerrier et 50 guerriers ou plus | Tadakatsu |
| Mewtwo | Illusio | Finir l’épisode de Kenshin, lieux au niveau 3 | Kenshin |
| Reshiram | — | Épisode Wi-Fi « Hideyoshi et Reshiram » uniquement | Hideyoshi |
| Zekrom | Violight | Nobunaga au rang 2 et le Cristal du Conquérant | Nobunaga |
| Arceus | Aurora | Épisode du héros, avec un lien de 80 % avec Évoli ou une évolution | Le héros |
| Rayquaza | Dragnor | Posséder tous les autres légendaires | Nobunaga |
Les noms des cristaux sont traduits de la version anglaise (Unifier Crystal, Warrior Crystal, Conqueror Crystal).
