Pokémon Masters EX raconte plusieurs histoires, sur l’île artificielle de Passio. Voici leurs grandes lignes, d’après Poképédia.
Le World Pokémon Masters
Battu par un mystérieux « dresseur à casquette », Alexis, prince d’un pays lointain, fait bâtir l’île de Passio et y organise le World Pokémon Masters, le WPM. Ses règles : chaque dresseur n’utilise qu’un Pokémon, dans une équipe d’au moins trois. Le héros, ou l’héroïne, s’inscrit avec son Pikachu, forme son trio et parcourt Passio pour battre les cinq Champions WPM et gagner leurs badges. En chemin, il recrute d’autres duos et affronte la Team Break, une bande de voleurs masqués décidés à gâcher le tournoi. Ce scénario compte 30 chapitres et 7 intermèdes.
L’organisation maléfique
Un deuxième scénario, en 9 chapitres et un intermède, met en scène les organisations criminelles des différentes régions, réunies sur Passio.
Arceus
Un troisième scénario, avec un prologue et 9 chapitres, est consacré à Arceus.
Les épisodes
Chaque duo a ses épisodes, des petites histoires à vivre une fois recruté ; certains font évoluer son Pokémon. Des événements limités ajoutent régulièrement des duos, comme Giovanni et Mewtwo, arrivés en décembre 2019, ou Red et Dracaufeu, capable de méga-évoluer, en février 2020.
